顕微鏡染色切片画像の3D構築

□染色切片画像の三次元構築

染色切片画像の三次元構築にはいろいろと手間が掛かります。まず顕微鏡において画像として取込む際に生じるステージZ軸の位置ズレを正す必要があり、また三次元構築の邪魔をする染色していない部分（例えば右図の白い部分）を取り除くような画像処理が必要です。

連続切片を撮影した画像は、撮影時の位置ズレによりそのままの状態では3次元構築しても実像を得ることができません。位置ずれを修正するにしてもその作業は一般的な画像処理ソフトを用いても、かなりの手間になります。ということで位置ズレを補正するのは、ソフトウエアの専用機能を使用するのがなんといっても得策ということになります。
ソフトウエアの位置ズレ補正機能を使用すると対話的に作業を進めることができます。右図のように上下の画像にそれぞれ疑似カラーを付け、一方を透かして、補正具合を一目瞭然とすることができます。実際の位置合わせは手動と自動の組み合わせになります。自動＞＞最小二乗、エッジ濃度勾配、マーカー手動＞＞マウス操作とテンキー入力
位置合わせを終えたら3次元立体構築を行います。染色カラー画像には、非染色部分も焦点の合っている、合っていないに関わらず、視野範囲内に収まっている情報としてすべて画像に含まれてきてしまいます。右図の白い部分です。これが画像処理上、非常にやっかいです。＊画像はマウス胎齢8日胚で、神経堤細胞が青色に染色、その他の細胞は赤で染まっています。
右図のように直行する断面で観察する手段もありますが、情報量が少なくまた画像としての目新しさにも欠けます。
染色していない部分を取り除くのは容易ではありません。右図のようになかなか取りきれない場合が少なくありません。ですがこれを取り除かないと3次元立体構築を行う意味が無くなってしまいます。
しかしながら、組織内部を透視する際に用いる不透明度の設定に適当な計算式を適用してあげれば右図のように奇麗に取り除くこともできるのです。以下に取り除いた事例のムービーがありますのでご参考までに御覧になって下さい。

　
□光学顕微鏡切片画像の3次元構築ムービー事例

サンプル3Dムービー１（回転させたもの） MPEG： 6.4MB
サンプル3Dムービー２（回転させたもので１番と向きを変えてあるもの）MPEG： 4.6MB
サンプル3Dムービー３（青く染色された部分を別の色で強調表示したもの）MPEG： 5.5MB

　ムービーの再生は "サンプルムービー"の文字をクリックして下さい。（別ウインドウが開きます）
　 Windowsの方はWindows Media Player、Macの方はQuickTime Playerで御覧になれます。

　このように染色切片画像の三次元構築をお考えの方、是非、　こちら　からお問い合わせ下さい。
尚、その際、お手元のサンプル画像をお送りいただければ当方でテスト的に三次元処理を行い、その結果を踏まえまして最適なツールをご提案させていただきます。どうぞご遠慮なくお申出下さい。

連続切片を撮影した画像は、撮影時の位置ズレによりそのままの状態では3次元構築しても実像を得ることができません。位置ずれを修正するにしてもその作業は一般的な画像処理ソフトを用いても、かなりの手間になります。ということで位置ズレを補正するのは、ソフトウエアの専用機能を使用するのがなんといっても得策ということになります。
ソフトウエアの位置ズレ補正機能を使用すると対話的に作業を進めることができます。右図のように上下の画像にそれぞれ疑似カラーを付け、一方を透かして、補正具合を一目瞭然とすることができます。実際の位置合わせは手動と自動の組み合わせになります。自動＞＞最小二乗、エッジ濃度勾配、マーカー手動＞＞マウス操作とテンキー入力
位置合わせを終えたら3次元立体構築を行います。染色カラー画像には、非染色部分も焦点の合っている、合っていないに関わらず、視野範囲内に収まっている情報としてすべて画像に含まれてきてしまいます。右図の白い部分です。これが画像処理上、非常にやっかいです。＊画像はマウス胎齢8日胚で、神経堤細胞が青色に染色、その他の細胞は赤で染まっています。
右図のように直行する断面で観察する手段もありますが、情報量が少なくまた画像としての目新しさにも欠けます。
染色していない部分を取り除くのは容易ではありません。右図のようになかなか取りきれない場合が少なくありません。ですがこれを取り除かないと3次元立体構築を行う意味が無くなってしまいます。
しかしながら、組織内部を透視する際に用いる不透明度の設定に適当な計算式を適用してあげれば右図のように奇麗に取り除くこともできるのです。以下に取り除いた事例のムービーがありますのでご参考までに御覧になって下さい。